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擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit

產(chǎn)品型號：	R300722
產(chǎn)品報價：
產(chǎn)品特點：	產(chǎn)品名稱：擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit 產(chǎn)品貨號：R300722 用于單細(xì)胞文庫構(gòu)建的全基因組擴增解決方案

R300722擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit的詳細(xì)資料：

產(chǎn)品名稱：擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit
產(chǎn)品貨號：R300722

產(chǎn)品說明：

擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit可以從單細(xì)胞擴增DNA，獲得高度可重復(fù)的文庫。細(xì)胞裂解和預(yù)擴增后，進行低背景的PCR擴增，并在3小時內(nèi)獲得微克級產(chǎn)物。
除了延續(xù)之前PicoPLEX WGA Kit可進行高度可重復(fù)的拷貝數(shù)變異（CNV）分析外，該試劑盒通過使用高保真酶，盡可能減少擴增誤差，并能檢測單核苷酸變異（SNV）。

產(chǎn)品特點：

單細(xì)胞基因組擴增, 產(chǎn)物用于芯片和PCR分析
單細(xì)胞研究結(jié)果可高度重復(fù)（或 <15 pg DNA）
可高度重復(fù)性地檢測基因組拷貝數(shù)變異（CNV）和非整倍性
易于使用和高度自動化
在所有分辨率下，結(jié)果清晰
應(yīng)用包括但不限于 PGS/PGD 和 CTC(circulating tumor cell) 分析

產(chǎn)品對比：

表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3進行高質(zhì)量單核苷酸變異（SNV）檢測

以單細(xì)胞 (1cell) 和5個細(xì)胞 (5 cells) 的GM12878細(xì)胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式兩份)，分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒，以及bulk gDNA對照制備全基因組擴增產(chǎn)物，進行SNV檢測的比較。其中B公司試劑盒雖然制備了足夠的擴增產(chǎn)物，但只有5 cells樣本中一個包含足夠的擴增子進行測序，而其他樣本無可用數(shù)據(jù)進行測序。根據(jù)Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 數(shù)據(jù)庫的交叉分析，預(yù)計GM12879細(xì)胞系總共存在78個SNVs。由于擴增子的設(shè)計，2×75 bp的讀取長度很短，78個SNVs中的4個未能檢測到。因此，檢測的SNV總數(shù)減少到74個。使用VarDict軟件，以≥10reads (10X coverage) 和等位基因頻率≥20％為基準(zhǔn)從BAM文件分析SNV。與其他兩個公司試劑盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丟失率。

（數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.）

圖2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV檢測

以來自不同細(xì)胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的單細(xì)胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3擴增基因組。之后取1ng的擴增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫，并在Illumina MiSeq（PE 75）進行測序。對Fastq文件去除接頭序列信息后，與human genome assembly GRCh37進行比對。只分析常染色體。對于這兩個panels，校準(zhǔn)歸一化至100萬reads，使用bedtools 2.25.0計算每1 Mb的 bin的reads數(shù)。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)繪制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3還顯示了可以高品質(zhì)的進行染色體異倍性分析。

圖3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因組覆蓋范圍的重現(xiàn)性高

以GM12878的單細(xì)胞樣本起始（一式兩份），分別使用PicoPLEX WGA v3，A公司試劑盒和B公司試劑盒擴增基因組。之后取1ng的擴增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫，并在MiSeq（PE 75）進行測序。然后與human genome assembly GRCh37進行比對，歸一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0計算每個1 Mb的bin的reads數(shù)。對這兩個單細(xì)胞文庫的每個窗口的total read進行繪制，計算Pearson和Spearman相關(guān)性并在每個圖中標(biāo)明。

Panel A. 包含異常值的樣本。*由于不同技術(shù)存在不同的偏差，沒有排除相關(guān)點，所以圖表的比例不同。
Panel B. 排除異常值的樣本。與A公司和B公司試劑盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重現(xiàn)性和覆蓋度。

（數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.）

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